Unit Pelaksana Teknis (UPT) Lembaga Pemasyarakatan (Lapas) Kelas II A Yogyakarta terletak di Jalan Tamansiswa Nomor 6 Yogyakarta (dulu Gevangenis Laan Wirogunan), dengan luas area lebih kurang 3,8 hektar. Sebelum direnovasi terdiri dari tiga bagian bangunan utama yaitu kantor petugas, enam blok sel untuk laki-laki dan satu blok sel untuk perempuan. Namun sejak dibentuk Lembaga Pemasyarakatan Perempuan Kelas IIB Yogyakarta pada tahun 2016 seluruh sel di Lapas Yogyakarta diperuntukkan untuk narapidana laki-laki.

Lapas Kelas II A Yogyakarta mempunyai kapasitas daya tampung sebanyak 496 orang. Di dalam area lapas terdapat Balai Kesehatan Lapas Yogyakarta yang terdiri dari 3 kamar. Ada pula fasilitas lain seperti dapur, gedung aula, masjid, gereja, dan gedung bimbingan kerja (bimker).

Lapas Kelas II A Yogyakarta merupakan bangunan peninggalan pemerintah Kolonial Belanda. Pada awal pendirian bernama Gevangenis En Huis Van Bewaring (Penjara dan Rumah Tahanan). Sejarah kepenjaraan pada masa kolonial dimulai sejak tahun 1872 dengan diberlakukannya Wetboek van Strafrecht voor de Inlanders in Nederlandsch Indie atau Kitab Undang-Undang Hukum Pidana untuk orang-orang pribumi di Hindia Belanda